محمد بن ابوبکر، از یاران امام اول شیعیان، علی بن ابی‌طالب و فرزند ابوبکر، اولین خلیفه از خلفای اهل سنت بود.فرزند ابوبکر بن ابی قحافه و اسماء بنت عمیس خثمعیه بود. در روز 25 ذیقعده سال 10 هجری در محلی به نام «ذوالحلیفه» میان راه مکه و مدینه متولد شد. پس از مرگ ابوبکر، علی او را تربیت کرد؛ او را دوست می‌داشت و وی را «فرزند خود از صلب ابی‌بکر» شمرد. در نهج‌البلاغه به نقل از ایشان آمده‌است:
«     او [محمد] دوست من بود و چون فرزندم او را پرورش داده بودم     »
محمد بن ابوبکر و قتل عثمان
وی از مخالفان حکومت عثمان خلیفه سوم بود و جز کسانی بود که مردم را بر ضد حکومت عثمان تحریک کرد . بر اساس کتوب تاریخی او قاتل عثمان نیست . در کتاب "البدایة و النهایه" آورده که محمدبن ابی‌بکر، عثمان را نکشته، بلکه از کسانی بوده که فقط وارد خانه عثمان شد، بلکه عثمان را مورد عتاب قرار داده که چرا دین خدا را منحرف کردی و سنت رسول خدا را نابود کردی، ولی پس از مشاجراتی که بین آن دو صورت گرفت، بیرون رفت و عده‌ای از اهل مصر عثمان را کشتند.
او در جنگ جمل با اینکه عایشه خواهرش در طرف مقابل بود جانب علی را گرفت و در صفین نیز همراه علی بود و در ماه رمضان سال 38 هجری پس از کشته شدن مالک اشتر، از طرف علی به حکومت مصر منصوب شد.
نامه? علی به محمد بن ابوبکر
هنگامی که علی، محمد بن ابوبکر را به فرمانداری مصر منصوب کرد برای او نامه‌ای نوشت . بخشی از متن این نامه به این شرح است : بدان ای محمد اگر چه تو به بهره? خویش از دنیا نیازمندی، امّا به تحصیل بهره? آخرت برای خود نیاز بیشتری داری، اگر دو قضیه برایت پیش آمد یکی برای آخرت و دیگری برای دنیا بود، نخست کار آخرت را انجام بده و باید به کار خیر علاقه زیادی داشته باشی و نیّت تو در انجام آن نیک باشد، چون خداوند به بنده به اندازه نیّتش پاداش می‌دهد و اگر بنده خیر و اهل خیر را دوست بدارد و خیر را انجام ندهد، انشاءالله همانند کسی است که آن را انجام داده است، چون پیامبرص وقتی از جنگ تبوک برگشت فرمود: «در مدینه گروههایی هستند که شما هیچ مسیری را طی نکرده‌اید و از هیچ دره‌ای پائین نیامده‌اید مگر اینکه آنها با شما بوده‌اند و تنها چیزی که آنان را از همراهی با شما بازداشته بیماری بوده است»، چون آنان نیّت آمدن به جنگ را داشته‌اند. سپس بدان ای محمد که تو را به عنوان فرماندار بزرگترین لشکر خود یعنی اهل مصر منصوب کرده‌ام و کار مردم را به تو سپرده‌ام، سزاوار است که برای خود بترسی و برای دین خود هوشیار باشی، اگر یک لحظه در روز توانستی به این فکر باشی دریغ مکن. برای راضی کردن هیچ کسی پروردگارت را ناخوشنود مکن، بر ستمگر سخت بگیر و با اهل خیر و نیکوکاران به نرمی رفتار کن و آنان را به خود نزدیک کن و آنان را رازدار خویش و برادرانت بگردان، والسّلام.
کشته شدن محمد بن ابوبکر
چون او فرماندار مصر شد. سعی کرد تا کسانی که با علی بیعت نکرده اند را تسلیم به بیعت کند . او به آنها نامه نوشت و آنها را به بیعت فرا خواند، اما آنها درخواست او را نپذیرفتند . به این دلیل میان او و کسانی که بیعت نکرده بودند درگیری پیش آمد. در این زمان معاویه نیز از فرصت استفاده کرد و لشکری را به فرماندهی عمرو بن عاص برای جنگ با مصر آماده کرد و با مخالفان محمد بن ابوبکر هم‌پیمان شد. جنگ‌های سختی بین آنها و فرماندار در گرفت که منجر به کشته شدن محمدبن ابوبکر گردید و لشکریان معاویه بر مصر چیره شدند و مصر از قلمروی حکومت علی در سال سی و هشت هجری جدا شد. بر اساس روایت ابو مخنف، پس از به قتل رسانیدن محمد بن ابوبکر، جسد او را در لاشه مرده الاغی گذاشته و آتش زدند.